Шидо Ицука сталкивается с большей опасностью, чем когда-либо, из-за его продолжающегося участия в Рататоске. Он уже запечатал 10 духов, а Исаак Уэсткотт, лидер Deus Ex Machina Industries, наконец решил убить Шидо и завладеть силами духов.
Чтобы достичь своей цели, Исаак объявляет тотальную войну Рататоску, вынуждая организацию истощить свои ресурсы, чтобы обеспечить выживание Шидо. Несмотря на численное превосходство и превосходство, проблеск надежды существует в виде Духа Времени, Куруми Токисаки. Шидо должен запечатать и получить силу Куруми, чтобы отправиться в прошлое и противостоять Духу Происхождения — катализатору, с которого все началось.
[Написано MAL Rewrite]